故事是發(fā)生在前作《初音島Ⅱ》劇情結(jié)束的20年之后，初音島風(fēng)見學(xué)園的非官方新聞部向官方新聞部發(fā)起了挑戰(zhàn)，為了讓畢業(yè)祭特刊更加受到歡迎，部長森園立夏決定以魔法主題，前往調(diào)查“永不凋零的櫻花樹”的當(dāng)晚，櫻花樹瞬間盛開了，于此同時，一封內(nèi)容奇怪、發(fā)件人不明的手機郵件，同時送到了官方新聞部的每一個成員的手機上，就這樣，男主角芳乃清隆和五位少女開啟了一段奇異而又溫馨的故事。